Zone of the Enders HD no terminó de complacer a Hideo Kojima, un recopilatorio que fue recibido con agrado por los jugadores y la crítica, sin embargo no pasaron por alto los problemas de framerate (imágenes por segundo), algo que resultó casi inexplicable, tratándose de juegos de la pasada generación. Este parece haber sido el motivo por el que el diseñador japonés ha decidido posponer indefinidamente el desarrollo de la tercera entrega, Enders Project, y deshacer el equipo que trabajaba en el proyecto.

Kojima no ha cancelado el videojuego de manera definitiva, y ha solicitado a los seguidores sus demandas para conocer realmente el interés que tienen los jugadores en una nueva entrega de la serie. Poco se sabía acerca de este juego, salvo que iba a utilizar el motor gráfico Fox Engine.