El modo online de Metal Gear Solid V: The Phantom Pain permitirá a los jugadores atacar las bases de otros usuarios. Al igual que en Peace Walker, podremos organizar y gestionar nuestra propia Mother Base, la cual tendremos que defender cuando otro jugador intente invadirla.

Durante este tipo de incursiones, nosotros también podremos asaltar la base de otro jugador para robar sus recursos mientras esquivamos los sistemas de seguridad y las defensas de la base enemiga.